Existem muitos geradores de scripts baseados na Web que ajudarão você a obter a configuração inicial das regras do iptables para você; Depois de criar suas regras básicas, é fácil editá-las e fazer alterações posteriormente. Depois de pegar o jeito, você não precisará mais (e provavelmente não vai querer) uma interface gráfica:
O Firewall Builder 4.0 (código-fonte aberto, Windows / Linux / Mac OSX / BSD) parece interessante e pode ser útil para gerenciar grandes implantações e / ou regras complexas: link
Shorewall já existe há algum tempo e parece promissor (também não tentei).