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É o seu servidor, então é sua escolha. Apenas certifique-se de que esteja configurado para qualquer pasta que você escolher.
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Você precisará de um programa de servidor, se já tiver SSH, use o SFTP. O Filezilla é um ótimo cliente para a transferência de arquivos. Caso contrário, você pode ativar (instalar?) Um servidor FTP . O Filezilla ainda funcionaria bem para isso. Se você usa FTP, crie uma conta FTP especial com uma senha diferente de todo o resto e torne-a muito longa e complexa.