Existe um bug do MySQL # 60091 sobre a replicação de tabelas InnoDB que podem atender às suas condições - dê uma olhada, verifique se sua versão foi afetada e atualize-a, eventualmente, para verificar se isso ajuda.
Outra explicação para isso seria a execução fora de ordem - quando o UPDATE my_tbl SET ... WHERE ...
é executado, a condição WHERE ainda não pode ser atendida por nenhuma linha, uma vez que ainda precisa acontecer. Eu não consigo pensar em uma razão para isso - isso seria algo sobre as listas de discussão do MySQL.