Acho que isso poderia causar problemas, já que o registro pode conter caracteres estendidos, como no formato unicode, e assim por diante, e os arquivos bat podem não ser tão bons, dependendo do que você faz com as strings.
Eu sempre chamei arquivos .reg separados para isso e é mais natural separar sua "base de código" em pedaços menores e não usar um arquivo gigante para tudo.
Parece que deve ser muito fácil escrever um script para fazer o básico dele, se nada acontecer ^^