O Filezilla tem sua própria camada de segurança interna para permitir que você crie usuários dentro do software, em vez de depender de contas existentes do Windows. Eu uso isso em vários servidores e testei bastante bem e não encontrei problemas com essa abordagem. Tenha em mente que isso não significa que o TestFTP de repente tenha o mesmo acesso ao disco rígido que o usuário do Sistema Local faz - a segurança do Filezilla impede isso.
Se você não se sentir confortável com esse acordo, provavelmente o IIS será mais adequado às suas necessidades.