Eu nunca tive a oportunidade de ter Modelos Administrativos de Diretiva de Grupo "aplicados parcialmente" da maneira que você está descrevendo. Meu instinto diz que a causa raiz é que o GPO específico que define o "MSCompatibilityMode" não está se aplicando a esses 100 usuários.
A configuração "MSCompatibilityMode" (chamada "Incluir listas de sites atualizadas da Microsoft" no console de gerenciamento de Diretiva de Grupo) está definida para os usuários no mesmo GPO que contém suas outras configurações relacionadas ao IE8 (aquelas que você usa) re falando quando você diz "embora eles conseguiram outras políticas do IE8")?
Eu executei o snap-in MMC do Conjunto de diretivas resultante (RSoP) em um usuário que está obtendo as configurações corretas e um usuário que não é e compare as listas de GPOs aplicadas.