Existe um vencedor claro na área do sistema de arquivos? Como acontece, algum sistema de arquivos tem um desempenho significativamente melhor em um ambiente virtualizado como o VMWare ou o VirtualBox? Há mais ou menos espaço em disco perdido nos formatos VMDK / VDI com alguns sistemas de arquivos, o layout de um sistema de arquivos específico se destaca quando executado em um ambiente virtual? Vale a pena investir em operações não críticas? Ou são todos iguais?
Então, o que você precisa? Estabilidade e confiabilidade? ext3 pode ser o caminho a percorrer. Toneladas de pequenos arquivos? ReiserFS / ext4 (talvez). Grandes arquivos contíguos? XFS. Eu pensaria que qualquer coisa que pudesse atrasar a escrita seria mais eficiente devido à sobrecarga nas operações de escrita, mas a partir de agora é tudo especulação e theorycraft .
Eu gosto do VMDK sobre VDI basicamente porque o VMDK é mais maduro e tem mais recursos. Não tenho conhecimento de nada que a VDI possa fazer que o VMDK não possa fazer. Tanto o VDI quanto o VMDK suportam discos expansíveis que economizam espaço em disco no host. Porém, o tamanho máximo de um disco VMDK pode ser expandido sem a necessidade de backup e restauração em um novo disco VMDK usando vmware-diskmanager . Você pode usar o gparted para redimensionar as partições existentes para preencher o novo espaço em disco. Muito liso. Com o VDI, você precisaria criar um novo disco VDI e migrar dados de um para o outro, AFAIK.
No que diz respeito à escolha de um sistema de arquivos no sistema operacional convidado, não acho que as coisas mudem muito em um ambiente virtual. As mesmas propriedades que você usa para escolher um sistema de arquivos se aplicam igualmente nos dois casos.