Não há substituto para um backup externo frio.
Qualquer backup que esteja sempre online e conversando com servidores ativos, especialmente um no mesmo datacenter, corre o risco de ser comprometido por intrusos ou falha devido a alguma causa que mata o original (incêndio, inundação, etc). Por essas duas razões, você provavelmente quer um backup ao vivo próximo do tempo real, no caso de fazer algo mal-intencionado por engano e um backup externo menos frequente. A beleza dos backups externos é que eles estão o mais isolados possível de qualquer cenário imaginável (salve um indivíduo nefasto para destruir todos os seus dados a qualquer custo) e, embora você possa perder alguns dias / semanas de dados, é melhor do que perdendo tudo.
No que diz respeito ao backup de dados incorretos, qualquer sistema de backup pode fazer backup silenciosamente de dados corrompidos, para isso são os testes regulares.
Se você puder obter uma melhor taxa de armazenamento que o EBS de outro host (não difícil), poderá configurar esse host como um escravo do MySQL e criar seu próprio disco LVM para MySQL, permitindo que você realize instantâneos do LVM regularmente. Certifique-se de que, independentemente do mecanismo de snapshot que você usa, certifique-se de FLUSH suas tabelas e leia bloqueá-las para manter a integridade dos dados. Consulte o link para mais informações. Se você estiver usando um escravo somente para leitura, você provavelmente poderá simplesmente enviar um escravo e um sinal de parada, embora o bloqueio de leitura não atrapalhe.
Alternativamente, você pode simplesmente parar seu escravo de leitura completamente, desligando o servidor SQL, então usar o rdiff-backup, que é um backup incremental, apenas fazendo backup de alterações, para copiar seus arquivos MySQL também.
A verdadeira resposta, no entanto, é que você provavelmente não precisa de tudo isso. Você provavelmente pode usar o mysqldump automaticamente de vez em quando, compactando-o e fazendo o upload para S3, baixando cópias de vez em quando para o seu computador doméstico para backup.