Lamento informar, mas no momento, para a maioria dos recursos, não é possível modificá-los com o CloudFormation, caso eles não sejam criados com o CloudFormation.
Embora haja algumas exceções notáveis (políticas de bucket do S3, grupos de segurança do EC2), os grupos de escalonamento automático do EC2 e as configurações de inicialização do EC2 não são um deles.