Sim, o Nginx comprimirá index.htm
l toda vez que for solicitado, pois não há arquivo index.html.gz
.
Para ser honesto, o gzip não é muito intensivo em termos de processador nos dias de hoje, e gzipear na hora (e depois descompactar no navegador) geralmente é a norma. É algo que os navegadores da web são muito bons.
Portanto, a menos que você esteja obtendo grandes volumes de tráfego, provavelmente não notará nenhum impacto no desempenho ou na carga da CPU devido ao gzip na maioria dos arquivos da Web.