Eu responderia a eles que todos esses recursos são devidamente licenciados, componentes de uma camada gratuita do SQL Server, Express. Eles provavelmente digitalizam seus computadores clientes procurando portas abertas ou outros indicadores de software não licenciado. Parece que esse é o problema deles para corrigir seus critérios de varredura, não os seus; a menos que haja algum licenciamento diferente para a edição Express em seu país.
O único cenário em que pude ver um problema é se você tinha o SQL Standard ou Enterprise edition instalado e o substituiu pelo Express. Nesse caso, alguns binários da instalação anterior podem ser deixados para trás, uma desinstalação / reinstalação completa deve ser resolvida isso.