Alguns pacotes pip (ou suas dependências) baixam binários em vez de baixar fontes e construir na máquina local, e pode haver problemas ao executar o strip em um binário construído em um ambiente diferente. Para baixar fontes e construir na máquina local, tente:
CFLAGS='-O0' pip install --no-binary :all: PACKAGE
Veja a documentação do pip em link
Houve uma discussão sobre este assunto no contexto da criação de pacotes Debian no link
Observe que alguns binários podem não ser construídos com sinalizadores de otimização, portanto, configurando CFLAGS para desabilitar sinalizadores de otimização, consulte: link
Observe também que pode levar muito tempo para criar todas as dependências a partir do código-fonte, portanto, se você tiver tempo para classificar quais pacotes têm problemas e quais não têm, e desejar acelerar a criação, tente alguma variação desta receita para instalar apenas alguns pacotes da fonte e com diferentes níveis de otimização:
CFLAGS='-O0' pip install --no-binary :all: PACKAGE
pip install --no-binary :all: PACKAGE
pip install PACKAGE