Eu encontrei uma boa maneira de fazê-lo em jessies: link
Na instalação inicial, não selecione nenhum pacote.
A partir do Cygwin 1.7, é possível instalar pacotes extras com o comutador -P. De uma janela cmd:
setup.exe -q -P openssh,python,ruby,vim
Este é um exemplo que instalaria apenas esses pacotes.