Você pode usar um probe RMON2 e configurar seu switch para espelhar todo o tráfego para uma porta (livre). Isso pode ser feito em hardware ou software (appliance / roll your own). Desta forma, você vê o que realmente está acontecendo em toda a sua rede, não apenas localmente. Abordagem diferente do que ntop, mas pode ajudar de qualquer maneira.