Não sei se sei uma maneira de fazer isso.
Geralmente, os mapeamentos de unidade fazem parte de uma sessão de logon interativo de usuário ativo e as unidades não são mapeadas quando as credenciais do usuário são usadas para sessões de serviço.
Dependendo do que você está tentando fazer e do que o aplicativo em questão tolerará, você poderia usar o caminho UNC real do recurso de unidade mapeada?
Em geral, isso é o que fazemos para acessar recursos remotos quando não há sessão registrada. Por exemplo, execute um script como uma tarefa agendada com as credenciais necessárias e, em seguida, segmente o UNC em vez de uma unidade mapeada.
Além disso, embora não funcione no seu caso com o Windows 2000, o meu entendimento é que o Server 2008 suporta links simbólicos para recursos de rede.