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Quando eu estava tentando descobrir uma configuração complexa do servidor IMAP, então eu pude usar o pinheiro, achei inestimável, ser capaz de fazer telnet no servidor e conversar diretamente com o IMAP, para que eu pudesse listar o conteúdo de vários pastas, para tentar descobrir onde o INBOX realmente estava. De memória, o problema que eu estava tendo era que o INBOX estava em um lugar e minhas pastas estavam em outro, e não contidas no INBOX como o Thunderbird esperava.
Dito isso, o melhor conselho é pedir a um de seus gurus técnicos da universidade como configurar corretamente o thunderbird ou algum outro cliente IMAP.