O Loopback permite que você defina políticas de grupo de usuários na UO onde o computador reside e que as políticas sejam aplicadas a qualquer usuário que fizer logon nesses computadores. Normalmente, as políticas de usuário são aplicadas a partir da hierarquia da UO, na qual a conta do usuário reside.
Não podemos prever qual será o impacto da alteração de Mesclar para Substituir. Você precisa executar o Assistente de Modelagem de Diretiva de Grupo e criar dois relatórios. Um que tenha loopback com Merge e um que tenha loopback com Replace. Salve os dois relatórios e compare-os.
Geralmente, substituir é usado para impor configurações do usuário na UO onde o computador reside. Substituir efetivamente ignora quaisquer configurações na estrutura da UO da conta do usuário. A mesclagem é usada se houver configurações na estrutura da UO da conta do usuário que seriam necessárias. Você precisará examinar os relatórios para determinar o que é melhor para o seu ambiente.