Não, não há nenhuma maneira suportada de redefinir para um banco de dados WSUS "intocado" ou limpo.
Eu vejo duas opções:
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Não faça nada além das práticas recomendadas pela Microsoft. Que são tudo que a GUI do WSUS oferece e reindexar o banco de dados . Pare de se preocupar com os extras de gigabytes que você pode liberar. Se cinco gigabytes for um problema, você já deve ter investido em mais espaço em geral. Executar qualquer servidor com sua capacidade é uma má ideia. Que coloca o "problema" em um lugar totalmente diferente.
Com tudo o mais, você está comprometendo a integridade do serviço e complicando desnecessariamente o "problema". Quando chegar a esse ponto você tem que considerar a opção dois de qualquer maneira.
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Se a única finalidade da instalação do WSUS for salvar a largura de banda e você não tiver um conjunto complicado de regras para os seus lançamentos e distribuição de atualização, reinstale o WSUS.
Embora a reinstalação do WSUS em um Small Business Server não seja suportada, fazê-lo com uma instância dedicada do WSUS é extremamente fácil.
Desinstale as funções e os recursos do WSUS e WID, remova os arquivos do banco de dados WID e reinstale tudo. Isso levará cerca de 2 horas do seu tempo e uma ressincronização completa (largura de banda) e você está pronto para ir.
Recomendo seguir as diretrizes no artigo Práticas recomendadas com o Windows Server Atualize os Serviços 3.0 . Especialmente o ponto: " Certifique-se de que seu servidor WSUS está configurado para baixar apenas as atualizações aprovadas "