Nos meus testes, o arquivo de atalho físico precisa existir no seguinte caminho para ser exibido na tela inicial:
% homeshare% \ menu Iniciar \ Programas \
Assim como você, não consegui encontrar uma maneira de arquivar isso usando "Export-startlayout".
Em vez disso, o que fiz foi colocar os atalhos que eu queria implantar na parte da GPT de um GPO, depois criei um comando ROBOCOPY para copiá-los para o diretório do menu iniciar no login.
Exemplo:
\ domínio.local \ SysVol \ tamar.local \ Políticas {F0C57572-7D16-49BC-8B4B-C8ABD9A363CB} \ Usuário \ Scripts \ Logon \ "% homeshare% \ Menu Iniciar \ Programas" "webmail.url