Esta questão surgiu anteriormente ( Perfil temporário do Windows 2012 RDS para Administrador ) sem solução alternativa. O UPD foi projetado apenas para suportar uma única sessão por usuário.
Mesmo se você pudesse obter a sessão do RemoteApp, o que eu não acredito que você possa, a resolução da tela acabaria sendo muito complicada, já que é baseada no tamanho da janela do aplicativo.
Sua melhor aposta é a simples educação do usuário ou escrever algum tipo de script que é iniciado quando eles tentam entrar em uma sessão de área de trabalho inteira para finalizar outras sessões.