Eu encontrei uma cópia desta pergunta, mas ela está no StackOverflow, não no ServerFault.
Para redirecionar mywebsite.com/some-directory para um diretório diferente da raiz do seu site, você teria algo como o código abaixo.
root /path/to/the/root/directory/of/mywebsite;
index index.php index.html index.htm get.html;
location /some-directory/ {
alias /path/to/some-directory/;
index index.php;
try_files $uri $uri/ /index.php?$args;
}
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