O Apache HTTPd, por padrão, usa o aplicativo do tipo mime / stream octeto para arquivos desconhecidos. Portanto, você deve (em teoria) ser capaz de definir uma ação usando mod_actions assim:
Action application/octet-stream /cgi-bin/unknown-mime-type.cgi
Onde o script CGI deve, é claro, estar disponível e ser executável, ou você pode adicionar uma reescrita para o caminho fornecido para servir uma página 404. Eu não tenho certeza se isso é sábio.