Eu experimentei um erro similar bundler: command not found: unicorn_rails
após a migração do Gitlab 5.4 para 6.0.
O problema foi armazenado em cache pelo valor de bundler de --without
da versão anterior do Gitlab:
root@2e7cc95677d2:/home/git/gitlab# sudo -u git -H bundle config
Settings are listed in order of priority. The top value will be used.
...
without
Set for your local app (/home/git/gitlab/.bundle/config): "development:test:mysql:unicorn:aws"
...
Eu removi com
root@2e7cc95677d2:/home/git/gitlab# sudo -u git -H bundle config --delete without'
e executou bundle install
novamente (note que esta string é para configuração do PostgreSQL):
sudo -u git -H bundle install --without development test mysql --deployment