O fantoche com augeas pode fazer o que você quer, embora eu questione o valor de não simplesmente gerenciar o arquivo de configuração inteiro, possivelmente usando um modelo.
Espero que você teste as atualizações em um ambiente de laboratório e, se necessário, modifique os arquivos de configuração do modelo. Você precisará testar as coisas de qualquer maneira, mesmo quando estiver usando o augeas, já que o que ele faz pode se tornar tão inválido quanto um arquivo de configuração totalmente padronizado.