Provavelmente, os metadados conhecem várias etapas de "Esse disco pertence a uma matriz?". Eu não estou familiarizado com esses detalhes; Eu apenas suponho que é semelhante ao sinalizador sujo de um sistema de arquivos. Quando você pega um novo disco em uma matriz, ele provavelmente está marcado como sobressalente até estar completamente sincronizado. Depois disso, os metadados provavelmente serão alterados para "é um membro completo da matriz".
A melhor solução seria criar um novo array e restaurar a partir do backup.
Se você quiser dar uma chance ao disco (sabendo que o "truncamento" deixará o sistema de arquivos realmente mal-humorado), você deverá criar um novo array a partir deste disco:
mdadm --create /dev/md2 --metadata=0.90 --raid-devices=2 --level=raid1 /dev/sda3 missing