Descoberto o problema, a versão do sistema do Python 2.7 fornecida pelo Ubuntu faz com que os processos do uWSGI usem mais memória. Compilar uma nova versão do Python e usar isso para lançar o imperador do uWSGI resolveu o problema.
Compilando o Python e instalando o uWSGI pode ser obtido com os comandos abaixo no Ubuntu 13.04.
wget http://python.org/ftp/python/2.7.5/Python-2.7.5.tar.bz2
tar jxf Python-2.7.5.tar.bz2
cd Python-2.7.5/
./configure --prefix=/opt/python2.7.5 && make && make install
cd /opt/python2.7.5/
curl -O http://python-distribute.org/distribute_setup.py
bin/python2.7 distribute_setup.py
bin/easy_install-2.7 pip
bin/pip-2.7 install uwsgi