usando o provedor de WMI:
' SetAllowDefinition is a static method, you should call it by getting a class object, as in the following example
Set oAnonAuth = oWebAdmin.Get("AnonymousAuthenticationSection")
oAnonAuth.SetAllowDefinition "MachineOnly"
com base no meu entendimento, acho que você está interessado em definir AllowDefinition como valores [AppHostOnly] ou [MachineToApplication].
ref: link
nota: As alterações na classe ProcessModelSection entram em vigor somente quando o processo de trabalho é reiniciado, não imediatamente após a alteração da configuração.
Eu usei o seguinte código para definir maxAppDomain = 1 para o aplicativo da web atual ", mas você pode alterá-lo para qualquer arquivo .config fornecendo o caminho"
System.Configuration.Configuration configuration = WebConfigurationManager.OpenWebConfiguration("");
System.Web.Configuration.ProcessModelSection processModelSection =
(ProcessModelSection)configuration.GetSection("system.web/processModel");
processModelSection.MaxAppDomains = 1;
espero que isso ajude, mas eu tive que assumir algumas coisas já que os requisitos das perguntas precisam de mais esclarecimentos.