Bem, do meu ponto de vista, o problema pode estar em um barramento PCI-E defeituoso ou em alguns problemas com o Controlador em geral. No lado do controlador, você tentou desativar o cache de gravação para as unidades SSD? Oficialmente, a Dell sugere desativar o cache de gravação ao usar unidades SSD ...
Outro ponto, se bem me lembro, qualquer controlador da Dell desativa o cache de gravação se você não tiver nenhuma unidade de backup de bateria (BBU) instalada no servidor, você tem uma? Caso contrário, force o cache de gravação no BIOS PERC e verifique se o desempenho muda. Tenha em mente que o cache de gravação sem uma bateria expõe você a uma perda de dados catastrófica em um evento de falha de energia!
Como último recurso, se for um problema de barramento PCI-E, a maneira mais rápida e simples deve ser alterar o slot do controlador.
EDIT: esqueci de mencionar
Você atualizou os firmwares de sistema para as versões mais recentes? BIOS, PERC Firmwares e outras coisas relacionadas? Se não, obtenha o mais recente em support.dell.com e tente novamente. Talvez isso não mude nada, mas os antigos firmwares Dell BIOS tinham um bug onde eles estavam estrangulando o CPU nas arquiteturas pós Nehalem, tentavam desabilitar os estados C na seção CPU do BIOS, e isso aumentaria o consumo de energia!