O Apache não precisa de permissão de execução nos arquivos dentro do docroot, mas precisa executar a permissão nos diretórios. Por exemplo. Para procurar diretórios usando as opções "Índices".
Geralmente, o sistema tem um valor umask padrão de 022. Portanto, qualquer diretório criado tem 0744 permissões e os arquivos têm 0644 permissões.
Para fazer as coisas funcionarem, você precisa seguir estas etapas,
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Altere o grupo principal do usuário FTP para o apache.
usermod -g apache
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Ou você pode até incluir o apache como um grupo secundário para o usuário FTP e alterar o arquivo de configuração do daemon do FTP. Você pode fazer isso facilmente em proftp e vsftp.
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Corrigir as permissões no docroot
chmod -R g + w / caminho / para / docroot
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Defina o valor de umask no daemon FTP para 002. Se tudo dentro do docroot for de propriedade do apache, você pode até considerar o uso de 007.