De minha experiência limitada com o SLES, você coloca suas personalizações locais no lugar certo.
Dito isto, você fez a Coisa Errada quando atualizou sem antes fazer o backup das configurações locais - o fato de que a atualização também fez uma Coisa Errada destruindo o arquivo em você, não obstante, se você quiser evitar ser queimado, Certifique-se de que veste suas roupas de fundo de amianto (e faça o backup de suas personalizações locais) antes de liberar um processo de atualização).
OsService Packs (atualizações de distribuição, grandes atualizações de versão, etc.) são especialmente propensos a quebrar coisas em você, e merecem esse nível de cautela extra ...