Ah, sim, por favor, desative o cache de consultas (set query_cache_size = 0). Por que ???
O Cache de Consulta sempre bate de frente com o InnoDB. Seria bom se o MVCC do InnoDB permitisse que as consultas fossem atendidas a partir do cache de consultas, caso as modificações não afetassem as leituras repetitivas de outras transações. Infelizmente, isso não acontece.
Aparentemente, você tem muitas consultas que são invalidadas rapidamente e não são reutilizadas.
Para o InnoDB no MySQL 4.0, o cache de consulta foi desabilitado para transações. Para o MySQL 4.1+, o InnoDB desempenha o controle de tráfego ao permitir o acesso ao cache de consulta por tabela.
Para obter mais informações sobre como isso é realmente feito, leia as páginas 213-215 do livro "Alto desempenho MySQL (Segunda Edição) " .