Já tentou clicar com o botão direito em setup.exe e dizer "executar como administrador"? Vi que você tentou instalar como administrador local, mas ainda vi algumas dificuldades nas instalações do SQL 2008 R2.
Você está instalando a partir de um DVD, uma cópia local dos arquivos ou um compartilhamento de rede? O instalador se comportará de maneira diferente se estiver transmitindo de um compartilhamento de rede. O service pack também.