Verifique aqui, talvez ele ajude você a link
Mas se você puder conectar-se remotamente ao banco de dados ou até mesmo ter acesso ao shell, você deve usar o mysqldump para fazer backup por banco de dados ou até mesmo por tabela.
este script id id que fará isso por você:
#!/bin/bash
dbuser=
dbpass=
backupdir=
$mysql -e "show databases" --user=$dbuser --password=$dbpass | $grep -v "Database" | while read dbase
do
$mkdir -p $backupdir/$dbase/
$mysqldump -c -u $dbuser --password=$dbpass $dbase > $backupdir/$dbase/full-$dbase.sql
#if dont want to dump one table per sql file then erase next 4 lines then it will dump one database per sql file
$mysql -e "show tables" --user=$dbuser --password=$dbpass $dbase | $grep -v "Tables_in_" | while read dbtable
do
$mysqldump -c -u $dbuser --password=$dbpass $dbase $dbtable > $backupdir/$dbase/$dbtable.sql
done
done
Você deve alterar / colocar o dbpass dbpass e o backupdir e o script deve fazer o despejo completo de cada banco de dados no servidor (um banco de dados por arquivo sql ee cada tabela no banco de dados por arquivo sql). Este exemplo deve ser executado no servidor, mas com pequena modificação você pode usá-lo para fazer o despejo remotamente.