Então você quer chirar o MySQL - Eu adoraria dizer que não há problema, mas esse não é o caso. É uma besta mal-humorada e não gosta de ser presa em chroot: P
As instruções do Chroot podem variar entre sistemas operacionais ou até mesmo distribuições, mas aqui está:
se você precisar de mais, basta pesquisar mysql chroot + seu nome de distro