Aha! Resolvi-o. Enviei um relatório de bug para o programador e ele recomendou que, em vez de usar Opções Globais, eu usasse as Opções do Usuário (que não exigem sudo).
Depois de mexer um pouco, encontrei a solução:
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Purge Scite.
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Exclua os arquivos Opções e Sessões do usuário do meu diretório pessoal.
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Reinstale o Scite.
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Adicione isto:
save.recent = 1
save.session = 1
Para as opções do usuário.