Infelizmente, o tc ainda não funciona para o IPv6.
Citação:
The Routing Policy Database (RPDB) replaced the IPv4 routing and addressing structure within the Linux Kernel which lead to all the wonderful features this HOWTO describes. Unfortunately, the IPv6 structure within Linux was implemented outside of this core structure. Although they do share some facilities, the essential RPDB structure does not particpate in or with the IPv6 addressing and routing structures.
This will change for sure, we just have to wait a little longer.
Fonte: link
Se alguém souber se isso foi corrigido de uma determinada versão do kernel, ou se houver um plano para corrigir isso em uma versão futura, sinta-se à vontade para atualizá-lo!
Possível solução alternativa (não testada por mim até agora) é encapsular o tráfego IPv6 (túnel SIT) e filtrar os pacotes IPv4 que contêm os pacotes IPv6.