Você deve estar usando o gerenciador de host ou o gerenciador do Tomcat para isso. Além disso, no arquivo server.xml, você pode desativar os que você não queria iniciar usando: DeployOnStartup="false"
Exemplo:
<Host name="learn" appBase="webapps" unpackWARs="true" autoDeploy="true" xmlValidation="false" xmlNamespaceAware="false" DeployOnStartup="false">
<Context path="" docBase="C:/Dev/web/learn/www" />
</Host>
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