Pergunta interessante e bom trabalho ao apresentar um histórico relevante.
Esse mysqltuner está relatando
[OK] Maximum possible memory usage: 16.6G (52% of installed RAM)
implica que este não é o caso e algo muito estranho está acontecendo ou que o uso da memória está ocorrendo em algum lugar diferente do mysql.
Eu assumo que o servidor web / PHP está em uma máquina separada?
Eu pegaria um instantâneo ps -ef depois de reiniciar o banco de dados mysql e quando a memória estiver cheia e tentaria identificar onde a memória adicional está indo (pode não ser o mysql).
Quase 4000 mesas! Realmente?
Server only contain 28 databases, almost all of them using InnoDB, except database for Wordpress.
Então o Wordpress precisa de 3500 tabelas?
Ele é famoso como um hog de memória, mas eu não sabia que ele criava uma pegada de banco de dados tão grande.