Acho que isso é provavelmente relevante:
The actual limit isn't on the # of fragment, but on the number of records of the data segment that stores the pointers to the fragment.
É muito possível que, com tantos fragmentos, o próprio sistema de arquivos não consiga adicionar mais fragements. Uma maneira fácil de testar é usar o utilitário [ link ] que o outro artigo bloqueou para desfragmentar os arquivos e tente novamente. Se você não pode desfragmentar o arquivo, ou se você pode subsequentemente escrever no arquivo correto após desfragmentá-lo, você terá sua resposta.
Outra abordagem que você deve considerar é rolar seus arquivos em. Quanto maiores seus arquivos (especialmente aqueles que você está acrescentando incrementalmente), maior a probabilidade de obter fragmentação, pois o NTFS se esforça para encontrar um espaço contíguo para o arquivo. (embora este seja o primeiro que ouvi sobre isso acontecendo em um disco vazio, talvez porque você tenha vários arquivos grandes). Rolar a ~ 2G provavelmente melhorará isso drasticamente.