Não sei porque fica com 2. No entanto, parte da sua configuração é
Header add Set-Cookie "ROUTEID=.%{BALANCER_WORKER_ROUTE}e; path=/" env=BALANCER_ROUTE_CHANGED
env = BALANCER_ROUTE_CHANGED
será 1 se o roteador tiver alterado 0 caso contrário, portanto, se a rota não tiver sido alterada, o cookie não será definido, a menos que precise mudar para um novo valor.