Eu encontrei esta página ao procurar pelo aviso do Chrome (comecei a jogar com o apache), a mesma coisa estava acontecendo comigo com uma nova instalação do apache.
Você precisa ter certeza de que sua diretiva SSLCipherSuite inclui 'TLSv1', como não faz por padrão.
Isso, junto com a diretiva SSLProtocol em sua pergunta, removeu todos os avisos sobre a conexão com o site, mesmo com um certificado autoassinado (quando digo "removemos todos os avisos sobre a conexão ao site", os avisos de certificado ainda estavam presente, mas as mensagens de criptografia estavam bem).
Eu recomendaria usar pelo menos
SSLCipherSuite TLSv1+HIGH:!SSLv2:!aNULL:!eNULL:@STRENGTH