Eu meio que consertei isso.
Eu criei um novo host virtual com o apache com limites no número máximo de instâncias.
Isso foi linkado no sistema operacional para apontar para o aplicativo original. Isso me permite executar o aplicativo principal com quantas instâncias eu precisar, mas com restrições sobre quantas instâncias o host virtual com links simbólicos pode executar.
Isso levantou um problema relacionado ao uso de cpu no host com link simbólico: Apache / Passenger e cpulimit