Parece que esses pools "mortos" estão mais ou menos presos em algum lugar, talvez em um loop infinito, então eles não estão respondendo a solicitações stop / recycle do IIS.
O que acontece se você der uma olhada no Gerenciador de Tarefas dos processos "w3wp.exe"? Você deve ter alguns deles, cada um servindo um pool de aplicativos; se este for um problema de loop infinito, o processo que atende o conjunto "morto" estará usando intensamente o tempo da CPU (tipicamente, maximizando um único núcleo da CPU); você pode identificá-lo e matá-lo do Gerenciador de Tarefas.