Estou pensando em você executar muitas consultas que geram muitas tabelas temporárias. A partir dos comentários na página do documento no cache da tabela , aparece o incremento de tabelas temporárias o contador por 2 para cada um. Eu não acho que escalar a variável table_cache é o problema.
Se você estiver criando tabelas temporárias explicitamente, não há muito que possa ser feito, exceto ajustar seu código.
Veja mais algumas boas informações sobre tabelas temporárias: link