Tivemos um problema como esse quando queríamos alterar nossa configuração de proxy no IE8 por meio do GPO após uma alteração em nossa arquitetura de rede.
Nós tentamos alterar o registro, exportando a configuração de um IE8 corretamente configurado para um gpo e ele ainda não funcionava.
A solução que usamos foi por GPO:
Configuração do usuário > Configuração do Windows > Manutenção do Internet Explorer > Conexão
Tivemos que alterar a configuração automática do navegador e as configurações de proxy.
Como eu entendo isso. A configuração do IE é uma configuração do usuário e deve ser alterada para todos os usuários. Talvez se você configurar um perfil e, em seguida, copiar esse perfil para o padrão, as configurações do IE8 serão aplicadas a todos. (cópia do perfil: fácil para o xp, mais difícil para o w7)