Eu acho que eles CHROOT'd cada site, isso é comum em muitos provedores de hospedagem compartilhada, de modo a não revelar a estrutura de diretórios do servidor.
Em um console, se você fizer um
ls -l
os arquivos do servidor da web são exibidos como pertencentes a um usuário do site? I.E. Cada site tem sua própria conta de usuário no servidor. Se isso acontecer, eu acho que é uma CHOOT, o que é bastante fácil de fazer. ( Algumas instruções aqui )
Verifique também para ver onde o arquivo atual é
<?php
echo dirname(__FILE__);
?>
(Isso mostrará o diretório do arquivo atual, se a raiz do documento for '/', então esse script deve retornar algo como '/myphpfile.php')
Embora eu não tenha verificado se uma CHROOT mudaria o DOCUMENT_ROOT no PHP, eu presumo que seria.
No entanto, não vejo como ter o DOCUMENT_ROOT como / seria um problema, contanto que você esteja carregando dinamicamente a partir do $ _SERVER global em vez de codificar permanentemente o diretório, isso não deve ser um problema.