Publicando a resposta de suyao aqui:
for /F "skip=1" %f IN ('dir /TW /O-D /A-D /B') DO move %f wherever
A explicação mais simples é que o comando DIR pré-construiu a ordenação de datas.
/T (has W implied would work as well) sorts based on time Last Written
/O sets the order, -D = By Date/Time, in reverse order
/A-D only entries that are NOT directories (hence files)
/B returns simply the filename
O "skip = 1" significa que o código deve ignorar a linha mais alta retornada e, como os arquivos foram ordenados corretamente, esse seria o arquivo mais recente.