Uma vez tive um problema semelhante em uma caixa de desenvolvimento do SharePoint que usei. Ele tinha uma instância local do SQL Server Express (o Visual Studio instalado) em execução e, por algum motivo, causou problemas ao se conectar à instância do SQL Server que estava executando o SharePoint, que estava em outra caixa completamente. Não fazia sentido para mim. Mas quando desativei a instância do SQL local, nunca mais tive o problema.
Certifique-se de que a instância não está sendo usada e, em seguida, desative-a via services.msc