Atualize a máquina do Windows 2000 Server para as regras atuais do Horário de Verão e você estará bem.
Você pode usar um dos mais antigos não oficiais patches (que não são realmente arquivos "patching" - eles estão apenas atualizando o registro). Se você estiver nos EUA e usar uma versão em inglês do Windows 2000, você estará bem (até a próxima atualização do DST nos EUA).
O Microsoft Way TM oficial parece incluir uma ferramenta de correção automatizada que pode tomar cuidado de suas necessidades (eu não tentei). Caso contrário, você está preso fazendo modificações no registro manualmente.
Fizemos algumas mesclagens de registro para cuidar das poucas máquinas W2K Server que ainda tínhamos pendurado, mas eu não as tenho a mão para lhe oferecer.
Editar:
A única "correção" que não envolve computadores sendo configurados para o fuso horário incorreto é atualizar as informações de fuso horário do computador do Windows 2000 Server. Qualquer outra coisa não é realmente uma "correção" e vai deixar você com uma mistura de máquinas configuradas para diferentes fusos horários, mesmo que estejam fisicamente no mesmo fuso horário.