O FastCGI e o PHP têm suas próprias configurações de tempo limite que também afetam isso. Veja este post no IIS.Net para mais detalhes:
O problema que você terá é que algumas dessas coisas (como a seção de configuração FastCGI) são feitas (exclusivamente se me lembro corretamente) no nível de arquivo applicationHost.config , não no arquivo web.config . Você precisaria conversar com seu provedor de hospedagem para aumentar os tempos limite.